从二十世纪八十年代至今，世界上生产流式细胞仪的厂家几经变迁，BC & BD仍在，新玩家不断进入，并购重组各取所需，它们生产各种不同性能和功能的流式细胞仪。总体而言，呈现出以下的发展趋势：
1. 应用对象从细胞到颗粒
一般而言，流式细胞仪检测的对象是细胞，而且是呈独立状态的悬浮于液体中的细胞，即单细胞悬液。组织和器官中的细胞，必须用各种方法制备成单细胞悬液，才能进行检测。
细菌、浮游生物等也可以用流式细胞仪分析。
一些不是细胞的单个粒子，如病毒、细胞核、染色体、原生质体等也是流式细胞仪的检测对象。实际上，用“颗粒”而不仅仅是“细胞”来定义流式细胞仪的检测对象，显然更有代表意义。
因为流式细胞仪可以将“颗粒”视同为“细胞”来进行检测，在特制的微球上包被抗原，抗体或核酸探针，以微球为载体来检测各种可溶性蛋白、细胞因子、自身抗体、特定的核酸序列等，从而使流式细胞仪的检测对象扩展到分子范围。
Luminex公司的多重流式检测平台能够自一个微量反应孔中同时检测50、100甚至多达500种分析物，俨然成为这一技术的金标准。
2. 检测颗粒尺度大大拓宽
常规流式细胞仪检测颗粒的范围为0.5-50μm。
电荷分选流式细胞仪检测颗粒范围与喷嘴直径等相关，最大应到喷嘴直径的1/3-1/2，目前最大直径的喷嘴为200μm。
Union Biometrica公司的气流分选平台COPAS FP和BioSorter能够适应大到1500μm的颗粒，可以用于分选模式动物的卵和幼虫;模式植物种子与花粉;大体积细胞与细胞簇等。CytoBuoy公司的Cytosense也可以到1500μm。
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